物理清洗與化學清洗是系統清洗常見的兩種方法，而通過清洗恢復膜元件性能才是清洗的最終目的，因此在清洗過程中應該將兩種方法有機地結合起來，尤其是在嚴重污堵時，更需要通過一些物理手段強化清洗效果。

1大流量清洗：拆卸進水短板，用水沖洗干凈膜端頭的污染物，然后再進行清洗，同時檢查清洗濾芯，保持干凈，從而保證清洗流量。配置好反滲透膜清洗藥劑，溶解完全混合均勻，保證清洗液位。當正常沖洗流量已不能將污染物沖出系統時有必要采取加大流量的方法，利用化學藥劑溶解作用和大流量大沖力的物理作用相結合，將堵塞在反滲透膜元件通道內的污染物徹底沖出膜體 。清洗結束后，以清水大流量沖洗設備，至產水電導基本不變，轉入正常運行。

2 反向清洗：當大顆粒污染物或粘泥有機物污堵在反滲透進水側時，會嚴重影響處理水量，提高進水壓力，造成產水量下降，此時若依然采用正常正向沖洗的方法，不僅無法將污染物徹底清理出系統，反而會將污染物壓實，進一步堵塞膜元件，因此一般在有機物污染比較嚴重的水源處理系統中，會增加反沖洗系統，既沖洗水從濃水側進入，從進水處出來。如果有污染比較牢靠的情況，可根據污染物類別，配合使用反滲透系統專用清洗藥劑進行反沖處理。

3 分段：當清洗多段反滲透裝置時，有效的清洗方法是分段清洗，這樣可控制較好清洗流速和清洗液濃度，避免后段的膜元件受到前段污染物的堵塞。降低清洗壓差，增加清洗流速，膜元件的污染按排列依次降低時，反向清洗能避免前段膜元件的污染物污染后段。

4提高溫度：適當提高溫度可大大提高清洗效果，但操作時要注意參照不同膜元件手冊規定的該元件最大耐受溫度指標，以免對反滲透膜造成不可逆損傷。

5浸泡：當遇到比較頑固性污染的時候，適當的延長浸泡時間也可達到疏松污垢的效果，一般當整個系統充滿溶液情況下，可浸泡8H；也可根據污染程度不同適當延長或縮短浸泡時間。

6 適當補藥：由于專業化學清洗時力度大，清洗比較徹底，所以化學藥劑消耗也大，需要定期進行觀測，必要時還需要補充或更換新的藥劑，這樣才能保證較好清洗效果。