在反滲透運行過程中，當難溶鹽在反滲透系統內被不斷濃縮，其組分離子濃度冪的乘積超過其溶度積，而又沒有采取合適的防垢措施，就會在反滲透膜表面上不斷沉淀而結垢。常見的結構類型如下：

(1)  碳酸鈣垢： 

碳酸鈣垢是一種礦物結垢。當阻垢劑/分散劑添加系統出現故障時，或是加酸 pH 調節系統出故障而引起給水 pH 增高時，碳酸鈣垢有可能沉積出來。盡早地檢測碳酸鈣垢，對于防止膜層表面沉積的晶體損傷膜元件是極為必要的。早期檢測出的碳酸鈣垢可由降低給水的 pH 值至3-5，運行1-2 小時的方法去除。對于沉積時間長的碳酸鈣垢，可用低 pH 值的檸檬酸溶液清洗去除。硫酸鈣、硫酸鋇、硫酸鍶垢：硫酸鹽垢是比碳酸鈣垢硬很多的礦物質垢，且不易去除。硫酸鹽垢可在阻垢劑/分散劑添加系統出現故障或加硫酸調節 pH 時沉積出來。盡量地檢測硫酸鹽垢對于防止膜層表面沉積的晶體損傷膜元件是極為必要的。硫酸鋇和硫酸鍶垢較難去除，因為它們幾乎在所有的清洗溶液中難以溶解，所以，應加以特別的注意以防止此類結垢的生成。

(2)  磷酸鈣垢： 

磷酸鈣垢在有高含量磷的市政廢水和污染中是較為常見的。通常這種垢可用酸性清洗劑去除。 

產生結垢的主要原因是濃差極化現象造成的。因此控制合適的進水條件（如溫度、pH 等）、降低系統的回收率和使用合適的阻垢劑可防止結垢物質的造成。硫酸鹽結垢是無機物結垢中比較難清洗的一種，通常也是由回收率過高、阻垢劑投加量不足、離子交換軟化樹脂未及時再生等原因造成。對硫酸鹽結垢的清洗應該及時進行，若結垢形成時間超過一周，則清洗后性能恢復的可能性極低。因此對高硫酸鹽含量的水源的，就加強對系統的即時監控，一旦出現硫酸鹽結垢，應立即進行清洗。 

控制方法： 

①  對于 Ca、Sr、Ba、Si 含量高的水，可降低反滲透系統的回收率，以避免濃水中該類鹽的離子濃度冪的乘積超過其溶度積而生成沉淀。 

②  加阻垢劑。現市場上所供反滲透專用阻垢劑多為有機酸鹽類和聚丙烯酸鹽類，阻垢效果較好。 

③  采用傳統的離子交換軟化法脫除水體中的 Sr、Ba、Si、Ca、Mg 等，但該法用于大水量的處理不經濟。